Na trasie pielgrzymki

19 października 1984 roku ks. Popiełuszko przybył na zaproszenie Duszpasterstwa Ludzi Pracy do parafii pw. Świętych Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy. W tym samym dniu, wracając do Warszawy, na drodze do Torunia, niedaleko miejscowości Górsk, Jerzy Popiełuszko wraz ze swoim kierowcą Waldemarem Chrostowskim zostali uprowadzeni przez funkcjonariuszy Samodzielnej Grupy „D” Departamentu IV MSW w mundurach funkcjonariuszy Wydziału Ruchu Drogowego MO. Księdza przymuszono do wyjścia z samochodu, następnie pobito i wrzucono do bagażnika samochodu "esbeków". Dalsze wydarzenia znane są jedynie z późniejszych zeznań trzech wykonawców porwania i zabójstwa. Esbecy porwali księdza razem z jego kierowcą. Chrostowski zdołał wyskoczyć z pędzącego samochodu i uciekł. Porywacze pojechali dalej, w stronę Torunia. Ponieważ zamknięty w bagażniku ks. Jerzy usiłował się stamtąd wydostać, porywacze zatrzymywali się co jakiś czas, i bili go aż do utraty przytomności. W końcu związali księdza w taki sposób, że każda próba wyprostowania nóg powodowała duszenie. Mordercy zeznali potem przed sądem, że koło północy wjechali na zaporę na Wiśle we Włocławku. Tam z wysokości kilkunastu metrów wrzucili księdza do wody. Jest prawdopodobne, że w tamtej chwili ks. Jerzy jeszcze żył.

30 października 1984 roku z zalewu na Wiśle koło Włocławka wyłowiono jego zwłoki. Ręce skrępowano tak, by próby poruszania nimi zaciskały pętlę na szyi. Ciało obciążone było workiem wypełnionym kamieniami. Zbadano je w Zakładzie Medycyny Sądowej Akademii Medycznej w Białymstoku pod kierunkiem prof. Marii Byrdy. W czasie sekcji wykazano ślady torturowania.